ജമാഅത്തെ ഇസ്ലാമിയുടെ മൗദൂദിയൻ ദർശനങ്ങൾ മറ്റ് മുസ്ലീം സംഘടനകളോ ഇസ്ലാമികവിശ്വാസികളോ ഒരിക്കലും അംഗീകരിച്ചിട്ടില്ല. ഇന്ത്യൻ മുസ്ലീങ്ങൾ മതരാഷ്ട്ര സിദ്ധാന്തങ്ങളോട് കാര്യമായ ആഭിമുഖ്യവും കാണിച്ചിട്ടില്ല. മറ്റ് മുസ്ലീം സമുദായ സംഘടനകളിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായി ഒരാഗോള ഇസ്ലാമിക രാഷ്ട്രീയവ്യവസ്ഥയെ ലക്ഷ്യംവെച്ചാണ് ജമാഅത്തെഇസ്ലാമി പ്രവർത്തിക്കുന്നത്. മൗദൂദിയൻ സിദ്ധാന്തങ്ങളെ ഇസ്ലാമിന്റെ പക്ഷത്തുനിന്ന് പരിശോധിച്ചിട്ടുള്ള മുസ്ലീം പണ്ഡിതന്മാർ ജമാഅത്തെ ഇസ്ലാമിയുടെ ആശയങ്ങൾ ഖുർആനും നബിചര്യയുമായി ബന്ധമില്ലാത്തതാണെന്ന് ആവർത്തിച്ച് വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ട്